染色質免疫共沉淀技術的原理是在活細胞狀態下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。

　　這項技術通過蛋白質與DNA互作來分析目標基因活性以及已知蛋白質的靶基因，被廣泛應用于體內轉錄調控因子與靶基因啟動子上特異核苷酸序列結合方面的研究。該技術常與DNA芯片和分子克隆技術相結合。

　　染色體免疫共沉淀是基于體內分析發展起來的方法，也稱結合位點分析法，在過去十年已經成為表觀遺傳信息研究的主要方法。這項技術幫助研究者判斷在細胞核中基因組的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾。ChIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。近年來，這種技術得到不斷的發展和完善。采用結合微陣列技術在染色體基因表達調控區域檢查染色體活性，是深入分析癌癥、心血管疾病以及中樞神經系統紊亂等疾病的主要通路的一種非常有效的工具。

　　染色質免疫共沉淀的原理介紹：

　　一、檢測目標基因活性

　　在保持組蛋白和DNA聯合的同時，染色質被切成很小的片斷，通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體，將目標片段（組蛋白發生特異標記的片段）沉淀下來。ChIP是利用抗原和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質的“proteinA”特異性地結合到免疫球蛋白的Fc片段的現象合用開發出來的方法（免疫磁珠結合proteinA，proteinA結合抗體Fc段，抗體結合抗原即發生特異標記的組蛋白，這里要注意組蛋白是和DNA結合的，這樣就把目標組蛋白和DNA的復合體沉淀下來了）。再將組蛋白與DNA分離，用獲得的DNA去做PCR分析和序列測定等檢測技術，從而進一步檢測哪些基因的組蛋白發生了修飾。

　　二、檢測已知蛋白的靶基因

　　在生理狀態下把細胞內的蛋白質和DNA交聯在一起，超聲波將其打碎為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過所要研究的目的蛋白質特異性抗體沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而明確蛋白與哪些基因相互作用。