Q1：DNA Pull Down的原理是什么？

A：DNA Pull Down是根據啟動子區域，設計DNA探針并進行生物素標記，標記的探針結合到鏈霉親和素修飾的磁珠上，形成磁珠-探針復合體。將磁珠-探針復合體與提取的蛋白孵育，鑒定與DNA探針有特異性結合的蛋白質。

Q2：探針的設計原則是什么，長度為多少個堿基比較合適？

A：啟動子的長度一般為100-1000 bp，我們建議選擇起始密碼子上游1000 bp的序列，根據這1000 bp的序列，來設計DNA探針。我們建議探針長度在100 bp-500 bp之間，如果探針序列太短，會降低與蛋白的親和能力；反之，如果探針序列太長，則會增加非特異性結合。

Q3：做DNA Pull Down的探針，用單鏈好還是用雙鏈好？

A：轉錄因子是與啟動子區特定的motif結合，DNA雙鏈的正義鏈和反義鏈上都可能會有轉錄因子的結合位點。轉錄因子與DNA的結合依賴于氫鍵和范德華力，雙鏈DNA能夠增加轉錄因子與DNA的結合能力。

Q4：一般會找到多少個轉錄因子，成功率是多少，有沒有成功的案例？

A：由于DNA Pull Down的特異性強，假陽性率低，根據我們的實際經驗，一條DNA探針能夠結合1-6個轉錄因子。我們目前所做的項目，成功率為80%。我們鑒定出了作物、花卉和木本植物的WRKY、MYB、HD-ZIP、MADS、HSF等轉錄因子。

Q5：本實驗的難點在哪里，影響DNA Dull Down實驗的因素有哪些？

A：由于樣本的種類多種多樣，轉錄因子的表達豐度低，本實驗的難點在于樣本細胞核的分離、細胞核蛋白的提取。影響DNA Dull Down實驗的因素主要有蛋白的表達豐度、蛋白和DNA結合的強弱程度等。

Q6：SDS PAGE之后，為什么用銀染，而不是考染？

A：由于提取或洗脫的蛋白豐度低，所以使用銀染進行SDS PAGE后的染色，銀染檢測靈敏度高，能夠檢測到ng級的蛋白質。通過銀染，也能夠判斷蛋白提取的質量，以及Pull Down之后蛋白洗脫的效果。

Q7：為什么實驗的對照組也能夠鑒定出蛋白？

A：如果物種蛋白數據庫完整度低、肽段注釋質量差，則需要進行全庫搜索。全庫搜索，對于負對照和實驗組來說，往往有非特異性蛋白或肽段。這是因為有一些蛋白能夠與磁珠非特異性結合；另外，配制實驗緩沖液所用的原料試劑、在實驗過程中會有外部環境蛋白的污染，比如人的角蛋白污染。由于質譜鑒定的靈敏度很高，即使有痕量的蛋白污染，也會被檢測出來。

Q8：后續的驗證可以選擇哪些實驗？

A：后續可以使用酵母單雜交、EMSA、LUC等實驗做進一步驗證。